Diese kleine Orchidee sieht dem männlichen Knabenkraut sehr ähnlich und hat auch den gleiche Blütetermin. Trotzdem kann man beide ganz gut voneinander unterscheiden. Einerseits besiedeln sie unterschiedliche Standorte und andererseits ist die Blüte vom Salepknabenkraut etwas anders: die seitlichen Sepalen (Helm) sind stets grünlich gestreift. Dieses Merkmal ist so deutlich, dass man beide Arten ohne Schwierigkeiten auseinanderhalten kann. Der einzige Nachteil ist, dass man ganz nah an eine Pflanze herangehen muss und damit unter Umständen ihren Lebensraum beeinträchtigt und ihr Überleben gefährdet. Aber auch von weitem kann man sehen, dass das kleine Knabenkraut gedrungener ist. Die Blätter bilden zwar auch eine Rosette, allerdings schieben sich beim kleinen Knabenkraut hellgrüne Blätter am dunkelvioletten Stängel empor. Beim männlichen Knabenkraut reichen die Blattscheiden nicht so hoch.
Die Blüte des kleinen Knabenkrauts ist rotviolett, es können aber auch weiße Exemplare, sogenannte Albinos, vorkommen. Die Lippe ist auffällig gepunktet. Die seitlichen Lappen sind meist herabgeklappt. Der Helm hat grüne Streifen. Der Blütenstand ist sehr lockerblütig und nicht höher als 20 cm. Die Blätter sind ungefleckt (!) und bilden eine kleine, dunkelgrüne Rosette. Stängelbegleitende, hellgrüne Blätter bilden einen auffälligen Kontrast zum dunkelvioletten Stängel. Die ganze Pflanze erreicht selten eine Höhe über 30 cm.
Mit der Höhe haben wir auch schon einen Hinweis auf den Standort. Während das männliche Knabenkraut auch in dichtem Buschwerk noch existieren kann und entsprechend größer wird, braucht das kleine Knabenkraut volle Sonne ohne Einschränkung. Es wächst daher nur auf kurzrasigen Wiesen. Diese sind sehr nährstoffarm und lassen nur spärlichen Grasbewuchs von genügsamen Arten zu. Solche Magerwiesen sind ideal für das kleine Knabenkraut. Durch die hohe Sonneneinstrahlung kann es daher auch schon im zeitigen Frühjahr (April) mit der Blüte beginnen. Wenn dann die übrige Magerrasenvegetation mit ihrem Wachstum beginnt, fängt für das kleine Knabenkraut die Ruhezeit an. In Bezug auf die Bodenreaktion ist Orchis morio ziemlich tolerant. Kalkreiche Böden werden zwar bevorzugt, es gedeiht aber auch auf silikatreichen, saureren Standorten. Wichtig ist der magere, steinige Boden. Von der Feuchtigkeit werden ebenfalls alle Variationen von trocken über wechselfeucht bis feucht angenommen.
Bei uns im Rheingau gibt es einen, klassischen Standort mit fast tausend Exemplaren. Hier ist im April die ganze Wiese rotviolett gefärbt. Ein grandioser Anblick!
Blüte: April/Mai, kleiner Blütenstand, rotviolett mit grün gestreiftem Helm,
meist nur 20 cm hoch;
Blatt: Rosette, dunkelgrün, ungefleckt, stängelbegleitende hellere Blätter, Stängel dunkelviolett überlaufen
Vorkommen im Rheingau: Magerwiesen feucht bis trocken, kurzrasig.